ماده39ـ در موارد زیر ثبت شناور باطل و تابعیت آن سلب می‌شود: 1ـ در صورتی که شرایط تحصیل تابعیت ایران مطابق با این آیین‌ نامه از بین رفته باشد. 2ـ در صورتی که شناور مفقود شده یا در نتیجه عملیات خصمانه یا دزدی دریایی تصرف شده باشد. 3ـ در صورتی که شناور متلاشی، غیرقابل استفاده یا به تشخیص سازمان، صلاحیت فنی و ایمنی آن برای تردد ایمن از بین رفته باشد.

ماده40ـ در صورت تحقق ماده (39)، مراتب باید ظرف سی روز به مرکز ثبت شناور اطلاع داده شود و گواهینامه ثبت و تابعیت شناور نیز به مرکز ثبت شناور مربوط تسلیم شود.

ماده41ـ مدارک لازم برای ابطال ثبت و سلب تابعیت شناور به شرح زیر می‌باشد: 1ـ اصل مدرک فروش شناور در صورتی که به اتباع بیگانه فروخته شود. در صورتی که معامله در خارج از کشور انجام شود، مراتب باید به تأیید نزدیکترین نماینده رسمی جمهوری اسلامی ایران به محل وقوع معامله رسیده و اصل ترجمه رسمی آن نیز ارائه شود. 2ـ تقاضای مالک یا نماینده قانونی مالک مبنی بر ابطال ثبت و تابعیت شناور در سایر موارد.

ماده42ـ گواهی ابطال ثبت شناور توسط مرجع ثبت در منطقه آزاد مربوط به عمل خواهد آمد، مشروط بر اینکه شناور در رهن نبوده یا اشخاص ثالث ادعایی نسبت به عین یا منافع شناور نداشته باشند یا سوابق شناور موردنظر نیز موارد فوق را تأیید ننماید، در غیر این صورت ابطال ثبت با تقاضای سازمان از دادگاه ذیصلاح به عمل خواهد آمد.

ماده43ـ پس از دریافت تقاضای ابطال ثبت و بررسی مدارک مربوط توسط سازمان یا مرکز ثبت شناور مربوط و احراز شرایط صدور گواهی ابطال ثبت و سلب تابعیت توسط سازمان یا مرکز مربوط، گواهینامه ابطال ثبت و سلب تابعیت تنظیم و به متقاضی تحویل می‌شود.

ماده44ـ تجدید ثبت شناور ابطال شده، مستلزم طی تشریفات قانونی مندرج در این آیین‌ نامه خواهد بود.