ماده46‌ـ کلیه عوارض و مالیات موضوع این قانون که توسط گمرک جمهوری اسلامی ایران به صورت قطعی وصول و به حسابهای مربوطه واریز می‌شود، مشمول حکم ماده‌(160) قانون امور گمرکی می‌باشد.

ماده47‌ـ پرونده‌های مالیات بر ارزش افزوده که تاریخ تعلق آنها قبل از لازم‌الاجراءشدن این قانون است، از نظر تعیین ماخذ مشمول ‏مالیات و نرخ مالیات، جرایم و تکالیف مؤدیان و ماموران مالیاتی و نحوه رسیدگی تابع قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 17/2/1387 می‌باشد، اما در مورد رفع اختلاف سازمان با مؤدی، ‏قطعیت، وصول، توزیع و تسویه، تابع احکام و مقررات این قانون است.‏

ماده48‌ـ متن زیر جایگزین ماده‌(238) قانون مالیات‌های مستقیم می‌شود و به این قانون تسری می‌یابد: «ماده238‌ـ در مواردی که برگ تشخیص مالیات صادر و به ‌مؤدی ابلاغ می‌شود، چنانچه مؤدی نسبت به آن معترض باشد می‌تواند ظرف سی‌روز از تاریخ ابلاغ شخصاً یا به وسیله وکیل ‌تام‌الاختیار خود با ارائه دلایل و اسناد و مدارک کتباً از اداره امور مالیاتی تقاضای رسیدگی مجدد نماید. مسؤول/ مسؤولان مربوط که از طرف سازمان امور مالیاتی مشخص می‌شوند، موظفند پس از ثبت درخواست مؤدی و ظرف‌ مهلتی که بیش از چهل و پنج‌‌روز از تاریخ ثبت درخواست نباشد به موضوع ‌رسیدگی و در صورتی که دلایل و اسناد و مدارک ابرازشده را برای ‌رد مندرجات برگ تشخیص کافی دانستند‌، آن را رد و در صورتی که دلایل و اسناد و مدارک ابرازی را مؤثر در تعدیل درآمد تشخیص دهند موارد تعدیل درآمد مشمول مالیات را مشخص نمایند. چنانچه مؤدی نظر مسؤول/ مسؤولان مربوط در تعدیل درآمد مشمول مالیات را قبول نماید درآمد مشمول مالیات تعدیل‌شده، قطعی است. در غیر این‌صورت برای رسیدگی به مابه‌التفاوت تا مبلغ مورد اعتراض مؤدی، موضوع به هیات حل اختلاف مالیاتی ارجاع می‌شود. همچنین هرگاه دلایل و اسناد و مدارک ابرازی مؤدی را برای رد برگ تشخیص یا تعدیل درآمد مؤثر تشخیص ندهند باید موضوع را مستدلاً در پرونده منعکس و مراتب را برای رسیدگی به هیات حل اختلاف مالیاتی ارجاع نمایند. تبصره1ـ دستورالعمل اجرایی این ماده‌با پیشنهاد سازمان امور مالیاتی به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد. تبصره2ـ در مواردی که مؤدی اطلاعات مربوطه را از طریق سامانه مؤدیان اظهار کرده باشد، مطابق احکام قانون سامانه مؤدیان و پایانه‌های فروشگاهی رفتار خواهد شد.»

ماده49‌ـ متن زیر جایگزین تبصره ماده‌(239) قانون مالیات‌های مستقیم می‌شود و به این قانون تسری می‌یابد: «تبصره‌ـ در مواردی که برگ تشخیص مالیات طبق مقررات ‌تبصره (1) و قسمت اخیر تبصره (2) ماده‌(203) و ماده‌(208) این قانون ابلاغ شده باشد و مؤدی به‌شرح مقررات این ماده‌اقدام نکرده باشد در حکم معترض به برگ ‌تشخیص مالیات شناخته می‌شود و پرونده امر برای رسیدگی به هیات حل اختلاف مالیاتی ارجاع می‌گردد.»

ماده50‌ـ متن زیر جایگزین ماده‌(244) قانون مالیات‌های مستقیم و تبصره‌های آن می‌شود و به این قانون تسری می‌یابد: «ماده244‌ـ مرجع رسیدگی به کلیه اختلاف‌های مالیاتی جز در مواردی که ضمن مقررات این قانون مرجع دیگری پیش‌بینی ‌شده‌، هیات حل اختلافات مالیاتی است‌. هر هیات حل اختلاف مالیاتی ‌از سه نفر به‌شرح زیر تشکیل می‌شود: 1‌ـ یک نفر نماینده سازمان امور مالیاتی کشور 2‌ـ یک نفر از میان قضات بازنشسته یا حقوق­دانان مطلع در امور مالیاتی با شرط وثاقت و امانت به درخواست سازمان امور مالیاتی و انتخاب رئیس کل دادگستری هر استان 3‌ـ یک نفر نماینده از اتاق بازرگانی، صنایع و معادن و کشاورزی ایران، اتاق تعاون ایران، جامعه حسابداران رسمی ایران، جامعه مشاوران رسمی مالیاتی ایران، مجامع حرفه‌ای، اتاق اصناف ایران، شورای اسلامی شهر، کانون وکلا، مرکز وکلا،‌ کارشناسان رسمی و مشاوران خانواده که برای مدت سه‌سال منصوب می‌شوند. مؤدی همزمان با اعتراض به برگ تشخیص یا مطالبه مالیات یکی از مراجع این بند را به‌عنوان نماینده خود جهت شرکت در جلسات هیات حل اختلاف مالیاتی معرفی می‌نماید. در صورتی که برگ ‌تشخیص مالیات ابلاغ قانونی شده باشد و یا همزمان با تسلیم ‌اعتراض به برگ تشخیص در مهلت قانونی مؤدی انتخاب خود را اعلام ننماید، با توجه به نوع فعالیت مؤدی یا موضوع مالیات مورد رسیدگی، از بین نمایندگان مزبور با رعایت تبصره (5) این ماده‌یک نفر انتخاب می‌شود. تبصره1ـ جلسات هیاتهای حل اختلاف مالیاتی با حضور هر سه عضو رسمیت می‌یابد و رای هیات با اکثریت آراء قطعی و لازم‌الاجراء است، ولی نظر اقلیت باید در متن رای قید گردد. تبصره2ـ هیاتهای حل اختلاف مالیاتی دارای استقلال کامل بوده و صرفاً اداره امور دبیرخانه‌ای هیاتهای حل اختلاف مالیاتی و تشکیل جلسات هیاتها به عهده سازمان امور مالیاتی می‌باشد. انشای رای با رعایت اصل عدالت و بی‌طرفی کلیه اعضا و متکی به اسناد و مدارک مثبته و دلایل و شواهد متقن در همان جلسه و یا حداکثر ظرف سه­روز کاری پس از برگزاری جلسه، توسط نماینده بند (2) این ماده‌به عمل آمده و به امضای تمامی اعضا می‌رسد. مؤدی یا نماینده قانونی وی مجاز به حضور کامل در جلسه و ارائه دفاعیات به صورت کتبی یا شفاهی است. اظهارات شفاهی باید در صورتجلسه قید و به امضای وی برسد. سازمان امور مالیاتی به‌منظور اعمال نظارت مؤثر بر عملکرد هیاتهای حل اختلاف مالیاتی، مکلف است نسبت به مستندسازی فرآیند برگزاری جلسات هیات به نحو مقتضی اقدام کند. تبصره3ـ تعیین حق‌الزحمه اعضای موضوع بندهای (2) و (3) این ماده‌متناسب با تعداد و مدت جلسات و نیز مراحل، منابع مالیاتی و پرونده‌های مورد رسیدگی از محل اعتباری ‌که به همین منظور در بودجه سالانه سازمان امور مالیاتی کشور پیش‌بینی می‌شود، مطابق دستورالعملی است که توسط سازمان مذکور تهیه و ابلاغ می‌گردد. حق‌الزحمه اعضا به‌صورت متمرکز از طرف سازمان امور مالیاتی کشور به حساب اعضا پرداخت می‌شود. تبصره4ـ سازمان امور مالیاتی مکلف است نمایندگان معرفی‌شده در اجرای بندهای (2) و (3) این ماده‌را به‌عنوان اعضای هیاتهای حل اختلاف مالیاتی بپذیرد و با رعایت تبصره (5) این ماده‌از آنها جهت شرکت در هیاتهای مزبور دعوت نماید. تبصره5ـ اسامی کلیه افراد معرفی‌شده توسط رئیس کل دادگستری هر استان، مدیر کل مالیاتی استان و مراجع مذکور در بند (3) این ماده‌به تفکیک شهرستان‌ها در سامانه‌ای که به صورت متمرکز و حداکثر ظرف سه‌ماه پس از لازم‌الاجراءشدن این قانون توسط سازمان امور مالیاتی کشور ایجاد می‌شود، درج می‌گردد. انتخاب افراد موضوع بندهای (1)، (2) و (3) برای هر پرونده در مواردی که در شهرستان مورد نظر بیشتر از یک نفر وجود داشته باشد، به صورت تصادفی توسط سامانه مزبور انجام می‌شود. این سامانه مستقیماً زیر نظر رئیس کل سازمان امور مالیاتی، مدیریت می‌گردد. تبصره6‌ـ سازمان امور مالیاتی کشور مکلف است حداقل یک هفته قبل از تشکیل جلسه هیات به نحو مقتضی زمینه دسترسی اعضای هیات حل اختلاف مالیاتی را برابر مقررات مربوط به مندرجات پرونده مورد اعتراض فراهم نماید. تبصره7‌ـ هریک از افراد مذکور در بندهای (2) و (3) این ماده‌در صورتی که بیشتر از سه جلسه متوالی یا چهار جلسه متناوب در یک­سال از حضور در جلسات هیات خودداری نمایند، حکم آنان لغو می‌شود و رئیس کل دادگستری هر استان و مرجع مربوط، حسب مورد، موظف است ظرف ده‌روز کاری فرد جایگزین را معرفی نماید. تبصره8‌ـ به منظور اجرای عدالت و اصل استقلال و بی‌طرفی و رعایت حقوق شهروندی و نظارت مؤثر، سازمان امور مالیاتی مکلف است ساختار اداره هیاتهای حل اختلاف مالیاتی را به‌صورت مستقل، تحت عنوان مرکز دادرسی مالیاتی در ساختار خود ذیل رئیس کل سازمان ایجاد نماید. واحدهای دادرسی مالیاتی در هر استان مستقل از اداره کل مالیاتی استان تشکیل می‌شود. تبصره9‌ـ پس از استقرار سامانه مؤدیان، ثبت اعتراض توسط مؤدی، انتخاب یکی از مراجع موضوع بند (3) این ماده، ارائه هرگونه لایحه به هیاتهای حل اختلاف، مشاهده اسناد، مدارک و اطلاعات موردنیاز، ابلاغ تاریخ تشکیل جلسات هیات، اطلاع از نتایج دادرسی و هرگونه اطلاع دیگر در خصوص پرونده دادرسی مالیاتی از طریق سامانه مذکور انجام می‌شود. تبصره10‌ـ سازمان امور مالیاتی کشور مکلف است زمینه دسترسی کامل مؤدی و یا نماینده قانونی وی به مفاد پرونده مورد اعتراض را حداقل یک هفته قبل از تشکیل هیات فراهم نماید. تبصره11‌ـ عضویت همزمان در فهرست نمایندگان بندهای (2) و (3) موضوع این ماده‌ممنوع است.»

ماده51‌ـ متن زیر جایگزین ماده‌(251) قانون مالیات‌های مستقیم می‌شود و به این قانون تسری می‌یابد: «ماده251‌ـ مؤدی یا دادستان انتظامی مالیاتی می‌توانند ظرف دوماه از تاریخ ابلاغ رای قطعی هیات حل اختلاف مالیاتی تجدیدنظر، به استناد عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی، با اعلام دلایل کافی به شورای­عالی مالیاتی اعتراض نموده و تجدید رسیدگی را درخواست کنند.»

ماده52‌ـ در بند (3) ماده‌(255) قانون مالیات‌های مستقیم عبارت «نظر اکثریت اعضای شورای عالی مالیاتی» به عبارت «نظر اکثریت اعضای هیات عمومی شورای‌عالی مالیاتی موضوع ماده‌(258) این قانون» تغییر می‌یابد.

ماده53‌ـ تبصره ذیل به ماده‌(258) قانون مالیات‌های مستقیم الحاق می‌شود: «تبصره‌ـ حکم این ماده‌در مواردی که نسبت به موارد مشابه آرای متفاوتی توسط هیاتهای حل اختلاف مالیاتی صادر شده باشد نیز جاری است.»

ماده54‌ـ در تبصره (2) ماده‌(274) قانون مالیات‌های مستقیم عبارت «سازمان امور مالیاتی کشور» جایگزین عبارت «دادستانی انتظامی مالیاتی» می‌گردد. حکم این تبصره و احکام فصل نهم از باب چهارم قانون مالیات‌های مستقیم (به استثنای ماده‌(217)) به این قانون تسری می‌یابد.

ماده55‌ـ از تاریخ لازم‌الاجراءشدن این قانون، احکام مربوط به مالیات و عوارض در قوانین زیر نسخ می‌گردد: 1‌ـ قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 17/2/1387 با اصلاحات و الحاقات بعدی (به استثنای حکم ماده‌(28) قانون مذکور نسبت به جامعه مشاوران رسمی مالیاتی ایران، ماده‌(50) قانون مذکور و تبصره­ های ذیل آن و تبصره (1) ماده‌(39) آن قانون نسبت به عوارض موضوع بند (2) ماده‌(38) این قانون) 2‌ـ بند «ب» ماده‌(6) و بند «ر» ماده‌(33) و ماده‌(73) و ماده‌(94) قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مصوب 14/12/1395 3‌ـ ماده‌(69) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (2) مصوب 4/12/1393 4‌ـ احکام ماده‌(34) قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر و ارتقای نظام مالی کشور مصوب 1/2/1394 در خصوص مالیات بر ارزش افزوده 5‌ـ مواد (18) و (47) قانون اصلاح نظام صنفی کشور مصوب 12/6/1392

ماده56‌ـ اجرای احکام این قانون نافی اجرای احکام و مقررات ذیل نیست: 1‌ـ قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مصوب 14/12/1395 با اصلاحات و الحاقات بعدی؛ (به استثنای موارد منسوخ در ماده‌(55) این قانون، بند «ب» ماده‌(6)، بند «ر» ماده‌(33)، ماده‌(73) و ماده‌(94) قانون مذکور) 2‌ـ قانون مالیات‌های مستقیم مصوب 3/12/1366 با اصلاحات و الحاقات بعدی 3‌ـ قانون مقررات تردد وسایل نقلیه خارجی مصوب 12/4/1373 با اصلاحات و الحاقات بعدی 4‌ـ عوارض آزادراه ها، عوارض موضوع ماده‌(12) قانون حمل و نقل و عبور کالاهای خارجی از قلمرو جمهوری اسلامی ایران مصوب 22/12/1374 با اصلاحات و الحاقات بعدی 5‌ـ قانون نحوه تامین هزینه‌های اتاق‌های بازرگانی و صنایع و معادن جمهوری اسلامی ایران و اتاق تعاون مصوب 11/8/1372 با اصلاحات و الحاقات بعدی 6‌ـ مواد (63) و (87) قانون وصول برخی از درآمدهای دولت و مصرف آن در موارد معین مصوب 28/12/1373 با اصلاحات و الحاقات بعدی 7‌ـ قانون امور گمرکی مصوب 22/8/1390 با اصلاحات و الحاقات بعدی؛ (به استثنای تعریف حقوق ورودی و سایر وجوه موضوع بند «د» ماده‌(1)) 8‌ـ مواد (65)، (58) و (70) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (2) مصوب 4/12/1393 با اصلاحات و الحاقات بعدی 9‌ـ بندهای «الف» و «ب» ماده‌(30) و بند (3) ماده‌(48) قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور مصوب 10/11/1395 با اصلاحات و الحاقات بعدی 10‌ـ تبصره (5) بند «الف» ماده‌(28) قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر و ارتقای نظام مالی کشور مصوب 1/2/1394 11‌ـ ماده‌(7) قانون توسعه ابزارها و نهادهای مالی جدید به‌منظور تسهیل اجرای سیاست‌های کلی اصل چهل و چهارم (44) قانون اساسی مصوب 25/9/1388 12‌ـ قانون توسعه و حمایت از صنایع دریایی مصوب 15/2/1387

ماده57‌ـ این قانون شش­ ماه پس از ابلاغ به رئیس­ جمهور لازم ­الاجراء است. تبصره‌ـ تا تاریخ لازم‌الاجراءشدن این قانون، قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 17/2/ 1387 با اصلاحات و الحاقات بعدی تمدید می­ شود و ‏لازم‌الاجراء است.‏