ماده 41 ـ ساخت ، تولید، خرید، فروش ، ارسال ، نگهداری ، ورود، صدور، مصرف و حمل مواد ممنوع حسب مورد برای مصارف پزشکی ، تحقیقاتی و صنعتی با مجوز وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی از شمول این قانون مستثنی است . تبصره1ـ کشت شقایق پاپاورسامنیو فرم الی‌فرا به درخواست وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی تحت نظر وزارت جهاد کشاورزی و با نظارت ستاد مبارزه با موادمخدر، برای مصارف دارویی و تأمین داروهای جایگزین بلامانع است.

ماده 42ـ به قوه قضاییه اجازه داده می شود که بخشی از محکومان مواد مخدر یا روان‌گردان‌های صنعتی غیرداروئی را به جای زندان در اردوگاههای خاص (با شرایط سخت و عادی) نگهداری نماید. دولت موظف است اعتبارات و تسهیلات و مقررات لازم را برای تهیه و اداره این اردوگاه ها در ظرف مدت یک سال تأمین کند. (الحاقی مصوب 1389/05/09) تبصره 1ـ اداره این اردوگاهها به عهده قوه قضاییه است . تبصره 2ـ دادگاهها می توانند به جای کیفر حبس کیفر توقف در اردوگاهها را برای محکومین معین نمایند.

ماده 43ـ نیروی‌ انتظامی جمهوری اسلامی ایران اجازه دارد در چارچوب موافقتنامه‌های قانونی دو یا چند جانبه بین جمهوری اسلامی ایران و سایر دولت‌ها با مشارکت مأمورین دیگر کشورها به منظور شناسایی مجرمین موضوع این قانون، ردیابی منابع مالی، کشف طرق ورود یا عبور محموله‌های قاچاق از کشور، کشف وسایل یا مکان کشت یا تولید یا ساخت مواد مذکور با تنظیم طرح عملیاتی و درخواست فرمانده نیروی انتظامی با حکم دادستان کل کشور، محموله‌های تحت کنترل را در قلمرو داخلی و با موافقت سایر کشورها در قلمرو آن کشورها مورد تعقیب قرار داده و پس از تکمیل تحقیقات، گزارش اقدام را به دادستان کل کشور یا قاضی‌ای که او تعیین می‌کند تسلیم نماید. هرگونه تغییر در طرح عملیاتی مذکور در حین اجرا با مجوز کتبی دادستان کل کشور بلامانع است. تبصره1ـ در هر حال احراز هویت و درج مشخصات مأموران دیگر کشورها در طرح عملیات الزامی می‌باشد. ضبط، جایگزینی کلی و یا جزئی و یا اجازه عبور محموله‌های موضوع این ماده از کشور و یا اخذ، نگهداری، اخفا، حمل و یا تحویل مواد مخدر و روانگردان صنعتی غیرداروئی و یا تهیه وسایل و تسهیل اقدامات مورد نیاز توسط ضابطان طبق موافقت‌نامه‌های قانونی دو یا چند جانبه و با رعایت کنوانسیونهای الحاقی با حکم دادستان کل کشور بلامانع است. تبصره2ـ رسیدگی به اتهامات متهمان موضوع این ماده در مرحله دادرسی در صلاحیت مرجع قضایی است که از طرف دادستان کل کشور تعیین می‌شود.

ماده 44ـ وزارت اطلاعات مکلف است ضمن جمع‌آوری اطلاعات لازم در زمینه شبکه‌های اصلی منطقه‌ای و بین‌المللی قاچاق سازمان‌یافته مرتبط با جرائم موضوع این قانون، در حوزه اختیارات قانونی نسبت به شناسایی و تعقیب آنها با حکم دادستان کل یا قاضی‌ای که او تعیین می‌کند اقدام و همچنین نسبت به ارائه سرویس اطلاعاتی به نیروی انتظامی و مراجع ذیصلاح نیز اقدام نماید.

ماده 45 (الحاقی 1396/7/12) -مرتکبان جرائمی که در این قانون دارای مجازات اعدام یا حبس ابد هستند در صورت احراز یکی از شرایط ذیل در حکم مفسد‌ فی‌الارض می‌باشند و به مجازات اعدام و ضبط اموال ناشی از مواد مخدر یا روانگردان محکوم و در غیر این‌ صورت حسب مورد «مشمولین به اعدام» به حبس درجه یک تا سی سال و جزای نقدی درجه یک تا دو برابر حداقل آن و «مشمولین به حبس ابد» به حبس و جزای نقدی درجه دو و در هر دو مورد به ضبط اموال ناشی از جرائم مواد مخدر و روان‌گردان محکوم می‌شوند: الف ـ مواردی که مباشر جرم و یا حداقل یکی از شرکا حین ارتکاب جرم سلاح کشیده یا به قصد مقابله با مأموران، سلاح گرم و یا شکاری به همراه داشته باشند. مـنظور از سلاح در این بنـد، سلاح سرد و سلاح و مهـمات موضوع قـانون مجازات قاچاق اسلحه و مهمات و دارندگان سلاح و مهمات غیرمجاز مصوب 7/6/1390 می‌باشد. ب ـ در صورتی‌که مرتکب نقش سردستگی (موضوع ماده (130) قانون مجازات اسلامی مصوب 1/2/1392) یا پشتیبان مالی و یا سرمایه‌گذار را داشته یا از اطفال و نوجوانان کمتر از هجده سال یا مجانین برای ارتکاب جرم استفاده کرده باشد. پ ـ مواردی‌ که مرتکب به علت ارتکاب جرائم موضوع این قانون، سابقه محکومیت قطعی اعدام یا حبس ابد یا حبس بیش از پانزده سال داشته باشد. ت ـ کلیه جرائم موضوع ماده (4) این قانون مشروط بر اینکه بیش از پنجاه کیلوگرم باشد و مواد موضوع ماده (8) این قانون مشروط بر اینکه بیش از دو کیلوگرم باشد و درخصوص سایر جرائم موضوع ماده (8) در صورتی‌که بیش از سه کیلوگرم باشد. اجرای این بند نسبت به مرتکبان، متهمان و مجرمان قبل از لازم‌الاجراء شدن این ماده منوط به داشتن یکی از شرایط بندهای (الف)، (ب) یا (پ) نیز می‌باشد. تبصره ـ در مورد جرائم موضوع این قانون که مجازات حبس بیش از پنج سال دارد در صورتی‌ که حکم به حداقل مجازات قانونی صادر شود، جز در مورد مصادیق تبصره ماده (38)، مرتکب از تعلیق اجرای مجازات، آزادی مشروط و سایر نهادهای ارفاقی به‌ استثنای عفو مقام معظم رهبری مذکور در بند (11) اصل یکصد و دهم (110) قانون اساسی بهره‌مند نخواهد شد و در صورتی‌که حکم به مجازات بیش از حداقل مجازات قانونی صادر شود دادگاه می‌تواند بخشی از مجازات حبس را پس از گذراندن حداقل مجازات قانونی به مدت پنج تا ده سال تعلیق کند.

ماده 46- اصلاح این قانون توسط مجلس شورای اسلامی بلامانع است. تبصره ـ فهرست مواد مخدر و روان‌گردانهای موردنظر این قانون افزون بر مواد مندرج در این قانون در قالب طرح یا لایحه در مجلس شورای اسلامی به تصویب خواهد رسید.